El teniente de Gobernador de Capitán General de las Provincias de Yucatán, don Francisco de Montejo, “El Mozo”, fundó la ciudad de Mérida un 6 de enero de 1542. En el acta fundacional Montejo dice: “Como católico… lo primero que se ordenó fue escoger sitio y lugar para construir iglesia”. A pesar de este mandamiento de la primera hora sólo se pudo levantar una iglesia de material vulnerable, era de techumbre de paja. Finalmente, en 1599, cuando estaba fresco el material de construcción, el Br. Juan de Izquierdo, séptimo obispo de Yucatán, le escribió al rey de España: “el tempo ha salido el mejor de todas las indias, porque en treinta años que tengo de servir a Vuestra majestad en el Perú y la Nueva España, no he visto cosa semejante”. Apenas se se tiene que destacar la redacción: Su ilustrísima no dice servir a Jesucristo ni a su Santa Iglesia, se protesta servidor del rey en las Indias. Por lo demás se le nota eufórico y satisfecho con la obra.
En 1929 el arquitecto Federico E. Mariscal dijo: “La fachada de la catedral de Mérida, imposible de confundirse con otras, no tiene ninguna semejanza con las de nuestras catedrales de otras regiones del país; los muros lisos, extraordinariamente elevados: las portadas pequeñas en relación con la gran altura de los muros y, en el centro, una especia de gran arco triunfal con enorme escudo con las armas reales españolas, mismo que en 1822 fue borrado a cincel y sustituido por el águila coronada del Primer Imperio Mexicano, aunque conservó en tomo el “Gran Collar de Toisón de Oro”.
La descripción de mariscal muestra a la catedral de Mérida como una construcción singular, más que de gran valor estético. Quizás faltó destacar que todo el conjunto es severo, incluido el interior. Los pilares, las capillas interiores, la nave central, en fin todo es marcada austeridad. A propósito del escudo borrado a cincel don Justo Sierra O’Reilly dijo: “Feísimo emplasto, en que se esculpieron las armas nacionales, primero con el águila coronada, y después ocultando la corona tras una capa de yeso y cal”.
Se ha mencionado al arquitecto Pedro de Aulestia, de quien se dice vino de España para emprender los trabajos de edificación de la Catedral, pero el resultado no fue el esperado y se ha afirmado que la construcción se derribó. Sin embargo el nombre que perdura es el de Juan Miguel de Agüero y el de sus colaborador, Gregorio de la Torre.
Se menciona que se destinaron “trescientos indios semaneros para formar el peonaje de alarifes”, de los cuales no se tiene registro alguno. Los trabajos para levantar la Catedral se suspendieron en 1573. El arquitecto Agüero era un hombre bien entendido en su materia: elaboró una maqueta para la catedral Metropolitana de la ciudad de México y se incorporó a los trabajos de la Catedral de Mérida en 1585 y falleció en 1590.
La noche del 24 de septiembre de 1915 se vivió una de los pasajes más vergonzosos de la historio de Yucatán. Una turba salvaje destruyó la puerta de la Catedral y se dedicaron a destruir todas las imágenes y retablos que fueron parte del patrimonio cultural del pueblo de Yucatán. Las imágenes del Señor de la Conquista, la de la Virgen de las Mercedes y la de la Santísima Trinidad fueron destruidas, como lo fueron otras tantas cosas. Intentaron destruir la imagen del Cristo de las Ampollas, mientras la banda de música local tocaba “La Cucaracha”. Arrastraron hasta la calle la imagen del Cristo de las Ampollas y ahí la abandonaron, recogiéndola la policía, quien la condujo a la Comandancia Militar. El órgano fue destruido, como se hicieron destrozos en las capillas del Sagrario, Divino Maestro y San Juan de Dios. Según nos dice don Fernando María Ávila Álvarez en 1916, se demolieron la sacristía y la capilla de San José para crear el Llamado “Pasaje de la Revolución”.
Esta catedral guarda entre sus muros recuerdos de hechos históricos y de leyendas. Algunas de las capillas con las que cuenta son la del Cristo de las ampollas (1656), el bautisterio y capilla del sagrario (1904), la sacristía y capilla de San José (1610), así como la capilla del rosario (1610). Se encuentra ubicada en la calle 60 x 61 y 57-A, justo en frente de la Plaza Principal de la Ciudad. San José (1610), así como la capilla del rosario (1610). Se encuentra ubicada en la calle 60 x 61 y 57-A.
